尽管FPGA的配置模式各不相同，但整个配置过程中FPGA的工作流程是一致的，分为三个部分：设置、加载、启动。
有多种方式使FPGA的配置进入这一过程。在上电时，电压达到FPGA要求之前，FPGA的上电复位模块将使FPGA保持在复位状态；外部控制PROG_B引脚出现一个低脉冲也可以使FPGA保持在复位状态。
这一步称为初始化，当FPGA复位结束，配置存储器的内容会被自动清除。在这个步骤中，除配置专用接口外，FPGA I/O均被置于高阻态。在整个初始化过程中，INIT_B引脚被置低并在初始化结束后恢复高电平。如果INIT_B信号在外部被拉低，FPGA将一直停留在初始化状态。注意PROG_B信号的脉宽不能太窄。
初始化结束后，INIT_B信号回到高电平。FPGA开始采集模式选择引脚M[1:0]和变量选择引脚VS。如果为主动模式，FPGA很快就会给出有效的CCLK。VS信号只在主动BPI及其SPI模式中生效。此时，FPGA开始在配置时钟的上升沿对配置数据进行采样。
每一个FPGA配置数据流都有一个同步头，是一段特殊的同步字。同步字主要用于帮助FPGA确定正确的数据位置。同步字之前的配置数据都会被FPGA忽略，也就是FPGA仅仅在同步化之后才正式开始接收配置数据。一般而言，同步字都是由0/1数目相同的二进制数组成的，如Spartan3为AA995566。
FPGA同步化后，会自动检测配置流中的器件ID和目标器件ID是否一致。这一步确保了FPGA不会被错误的配置流误配置。
32位的ID中包含了28位的特征值和4位掩码。特征值包括厂商信息，器件族，器件规模等。当器件ID检查遇到问题时，FPGA会将内部寄存器的第一位ID_Err置高，软件也会显示错误信息。
在ID检查顺利通过后，FPGA开始加载配置数据。
在加载数据过程中，FPGA会对每一帧数据进行CRC校验。如果失败，FPGA会将INIT_B信号拉低并终止配置过程。
FPGA配置数据加载完后，FPGA进入启动序列。启动序列事件的默认顺序为先释放DONE引脚，然后激活I/O，最后启动写使能。实际使用中，可以通过BitGen参数对启动顺序进行设置来满足不同的需求。
