FPGA设计有别于DSP和ARM系统，相比之下较为灵活和自由。主要是设计构思好专用管脚的电路，通用I/O的连接可以自身定义。因而，FPGA电路设计中会有一些独特的方法能够参照。
1.FPGA管脚兼容性设计
FPGA芯片在选择时要尽可能挑选兼容性好的封裝。那么，在硬件电路设计时，还要考虑到怎样兼容多种多芯片的难题。比如，EP2C8Q208C8和EP2C5Q208 这两个规格型号的FPGA。其芯片仅有十几个I/O管脚定义是不一样的。在EP2C5Q208 芯片上，这几个I/O是通用I/O管脚，而在EP2C8Q208C8芯片上，分别是电源和地信号。为了能确保两个芯片在同样的电路板上都能工作，我们就要依照EP2C5Q208 的规定 来把相匹配管脚连接到电源和地平面。由于，通用的I/O能够连接到电源或地信号，可是电源或地信号却不可以作为通用I/O。在同样封裝、兼容多个型号FPGA的设计中，一般标准就是依照通用I/O数量少的芯片来设计电路。
2.依据电路合理布局来分配管脚功能
FPGA的通用I/O功能定义可以依据需求来确定。在电路图设计的步骤中，假如可以依据PCB的合理布局来相对应的调整原理图中FPGA的管脚定义，就可以使后期的走线工作更圆满。比如，SDRAM芯片在FPGA的左边。在FPGA的管脚分配时，应当把与SDRAM有关的信号分配在FPGA的左边管脚上。那样，就能够确保SDRAM信号的走线间距最短，实现最好的信号完整性。
3.FPGA预设测试点
现阶段FPGA提供的I/O数量愈来愈多，除开可以满足设计需求的I/O外，也有一部分剩余I/O没有定义。这些I/O能够作为预留的测试点来使用。比如，在测试与FPGA相接的SDRAM工作时序情况时，用示波器精确测量 SDRAM有关管脚会很难。并且SDRAM输出功率较高，直接精确测量会引入附加的阻抗，影响SDRAM的正常工作。假如FPGA有预留的测试点，能够将测试的信号从FPGA内部特指到预留的测试点上。那样既能测试到这种信号的波形，又不容易影响SDRAM的工作。假如电路测试过程中发觉必须飞线才可以解决问题，那么这些预留的测试点可以 作为飞线的过渡点。
