当SoC系统的规模很大的时候，单片FPGA验证平台已经无法容纳这么多容量，我们将采取将SoC设计划分为多个FPGA的映射。理论上，采用FPGA设计的一个系统对于FPGA的数量并没有限制，而且一些FPGA的高手也能够很顺利的将巨大的数字系统设计很好的在多片FPGA系统中实现。但实际在SoC开发过程中，采用FPGA原型验证系统平台的FPGA数量是有限的，当然一般厂商都号称可以数台级联扩展，实现数百台FPGA的级联，以实现数百亿门的逻辑规模的验证平台。
通常，以下几点将限制原型验证系统中FPGA的数量：
FPGA与FPGA片间连接： 随着设计被拆分到更多的FPGA上的逻辑映射，FPGA之间的连接通常会增长很多，并且取决于设计及其分区方式，片间连接的信号数量可能会超过给定系统中的可用IO连接，所以高内聚、低耦合的分割策略尤为重要。FPGA片间连接受给定系统中可用FPGA之间连接性的限制。根据FPGA系统的不同，FPGA片间的连接可以是固定的，也可以在某种程度上是可编程的。克服FPGA间连接的IO数量瓶颈的常见技术是使用高速引脚复用方案（TDM），其中多个信号“时间共享”单个IO连接。时域引脚复用需要高速时钟，由于FPGA之间物理连接的定时限制，高速时钟可能会限制系统时钟速率。
信号传输： 由于FPGA IO焊盘的上信号交互传播延迟通常远长于FPGA内的信号传播延迟，所以FPGA之间的信号传播通常是整个系统时序关键路径，直接影响系统时钟速率。整个板上过多的FPGA到FPGA延迟（包括长的信号稳定时间）将减少时序的裕度，并可能限制系统的时钟速率。由于物理实现，系统中FPGA的数量越多，信号传播延时问题就越严重，尤其是当信号通过多个连接器和连接介质（电缆、其板）将多个板连接在一起时，接地回路和参考点可能变得无关紧要。
时钟分布： 多FPGA系统中的时钟同步对其正常运行非常重要。具体而言，驱动来自一个FPGA的时钟域的信号和来自其FPGA的时钟域的信号，这两个时钟必须在交换数据的FPGA之间具有最小的偏差，以不违反设置和保持时间，换句话说，不同FPGA上的时钟必须做到同步。系统随着FPGA的数量的增加而变得更大，物理实现上时钟分布可能变得更难，可接受的偏差实现起来更加困难，尤其是在多个板连接在一起的可扩展系统中。
手动分割不同的FPGA： 随着整个系统中FPGA数量的增加，分区变得越来越复杂，手动分区可能完全不切实际。如果分区需要随着设计的变化而经常修改，这可能会变得特别困难。因此自动分割软件显得尤为重要，而自动分割中采取的分割算法的合理性成为一个有竞争的地方。
管理多个FPGA： 虽然这个层面不是技术障碍，但整个原型验证系统中FPGA越多，整个过程就越繁琐，需要更大的管理工作量。具体而言，在每次FPGA的设计迭代中，可能需要重新处理（合成、放置和路由）多个FPGA，并行处理多个FPGA需要软件工具的多个工具许可证，否则该过程将变成串行的，需要更长的时间才能完成。每个FPGA需要在引脚分配、时序约束、实现文件、修订控制等方面进行管理，这增加了整个项目工程管理开销。
